再然后精灵王阿尔弗烈德开始对人类发动战争，并举行了升腾者仪式，间接导致了精灵王国的衰亡。这也被普遍认为是第二纪结束的标志性事件之一。
在这过程中，太阳女神在幕后引领了整场战争，自已则很少出手，中间不断有大量其他神灵卷入。一直持续到星空外神第三次入侵为止。
整个第二纪的历史极其混乱，没有任何引领者出现，也被称为是灰暗年代。
从一开始，太阳女神就洞悉了瓜拉尼两个分身的真相，死神和炼金与工匠之神实际上都是瓜拉尼的分身，当普通神灵成就正神时，都会得到世界的认可，得到些许世界本源的反馈。
瓜拉尼创造出两个分身，让分身晋升成正神，当三位正神重新三合为一，这也是晋升旧日的一种途径。
但太阳女神留意到瓜拉尼忽略了一点，拥有三个正神层次的身体不但意味着力量和层次能够快速增长，在本身就遭受污染的情况下，更意味着知识瘟疫的叠加。
从始至终给瓜拉尼的选择只有一个，那就是和祂的分身一同远离这场神战，明哲保身。
但太阳女神并没有给瓜拉尼任何机会，随着神战的加剧，瓜拉尼以及两个分身身上的知识污染不可避免的加深了，而太阳女神则在此时入场，她在一场神战中用永恒圣钉钉死了死神尤克基尔；同时放任她的盟友，当时已经和生命女神交换了身份的阿格尼丝吞噬了工匠与炼金之神，获取了创造权柄。
最后输掉了整场神战，仅剩光杆司令的瓜拉尼不得不留下了后手，在沃特斯古城选择了沉眠。
诅咒神教，工匠与炼金教会成为隐藏教派，知识议会退出正神教会行列，选择了中立。
第二纪的最后，星空外神再次入侵。
尽管因为在第二纪，众神们让天启世界推离了星空，这一次星空外神并没能以本体入侵，但仍有大量阴绿色的陨石从天而降，变成了一个又一个扭曲的怪物，祂们有三个脑袋和八条手臂，背部长着如同蜗牛一般的甲壳。实力相当于一位正神。迫使众神们不得不重新联手，付出了极其惨烈的代价后才勉强获胜。
而在这次入侵结束后，阿格尼丝的污染越发严重，不得不选择第二条路，彻底放弃原来的身体，选择陷入沉睡。
画面再次出现了一行文字：
第二纪正式结束
就此，第二块和第三块拼图正式完成。
接下来剧情有所快进，历史的长河快速流逝，一段段或熟悉，或陌生的节点匆匆流转。
接着是第三纪，七大正神教派逐渐陷入了相对平衡的时期，众神们逐渐不再踏足人间，转而以寻找代理人的形式进行另一种形势的神战——宗教战争。
在这个阶段，涌现出了大量人类的圣者，神话生物开始消亡，甚至沦为人类的超凡材料。
诅咒教派成为最大的隐秘教派后，一直在人类世界制造灾难，试图引导死神的回归。正神教会中，苦修教派，战神教会和大地女神教会逐渐壮大，被称为御三家。
再然后是布莱斯顿王国灭亡法里克王国，布莱登雷泽家族灭族，战神教会西迁。
而就在这时候，弹幕上提前飘起了大量弹幕：
“666，我韦恩大佬终于登场了。”
“恭迎韦恩大佬！！”
“这时候我老公看起来好青涩啊！”
锦瑟精神一振，随后看到了在一场诅咒教派举行的献祭中，出现了一张熟悉的脸庞。恍然间，她有一种正在经历历史，创造历史的厚重感.